Das starten machts du schonmal richtig!
Ich will dir ganz sicher nix unterstellen, also bitte net böse sein wenn ich falsch tippe. Aber derartige Probleme gab es in der Verganganheit häufig mit den "no-cd" Patches oder irgendwie anders veränderten .exe Dateien.
z.B. legte man ein neues Haus mit Einrichtung ein, lässt ne Sim Familie einziehen und speichert, und nach einem Neustart stellte man fest, dass das Spiel garnet gespeichert hatte.
Die einzige andere Erklärung, welche mir dazu im Moment einfällt, ist dass die Pladde voll ist.
SimPE greif nicht soweit ins spiel ein, dass es das speichern verhindern könnte (es sei denn du lässt SimPE im Hintergrund laufen wenn das Spiel startet, und selbst dann würde eine neu angelegte Nachbarschaft n icht einfach vergessen).