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Zu Deinen Fragen:
Die meisten Belohnungen haben bis zu drei verschiedene (positive) Effekte auf die Umgebung: Einmal den Parkeffekt, welcher Wohngebieten zugute kommt, der Wahrzeicheneffekt fördert das Gewerbe, und die Beeinflussung der Bürgermeisterbewertung hebt das allgemeine Stimmungsbild in der Stadt und damit auch die Attraktivität der Grundstücke. Du hast ja sicher schon bemerkt, daß die Gebäude nicht immer zu 100% belegt sind, sondern daß Einwohner- und Jobzahl leicht variiert. SimCity berechnet aus der lokalen Attraktivität und den anderen Faktoren, welche im Abfragefenster angezeigt sind, jeweils eine aktuelle Belegungszahl.
Das Epidemienforschungszentrum setze ich eigentlich immer gerade dorthin, wo es am besten paßt, zum einen ist der Abdeckungsradius sehr groß, und zum anderen habe ich es noch nie geschafft, das Gebäude vollständig auszulasten, meistens kann ich den Budgetregler sogar fast auf 0 drehen, was die Kosten extrem gering hält. Gegen die leichte Strahlung gibt's übrigens einen kleinen Mod ("
No Radiation Mod"), den ich auch nicht als Cheat ansehe, denn vor Rush Hour hat dieses Gebäude noch keine Strahlung gehabt.
Wie weiter oben beschrieben ist der Parkeffekt für die Wohngebiete und der Wahrzeicheneffekt für Gewerbegebiete verantwortlich. Es kann aber durchaus sein, daß der Effekt auch für andere Gebiete gilt, und eine Senkung der Luftverschmutzung (z. B. bei Parks oder Plazas) dürfte beiden zugute kommen. Manchmal haben Wahrzeichen auch beide Effekte, von daher ist es wohl letztendlich egal, wo genau man die aufstellt.
Zusätzlich gibt es oft einen Wert "Demand Created" sowie "Demand Satisfied", manchmal auch "Amenities". Die genau zu erklären ist nicht ganz einfach, und interessanterweise läßt das deutsche Lösungsbuch dieses Kapitel im Gegensatz zum amerikanischen Original vollständig aus. Vermutlich haben es die Übersetzer selbst nicht verstanden und stillschweigend unter den Tisch gekehrt.
Intern funktioniert das Spiel so, daß eine gewisse Nachfrage ("Demand") vorhanden ist, welche dazu führt, daß leere Zonen bebaut werden. Die Growables (selbstwachsende Gebäude) haben dazu einen "Capacity Satisfied"-Wert (die Anzahl der Einwohner bzw. Jobs), welche beim Wachsen eines Gebäudes die Nachfrage befriedigen. Als Folge davon gehen die Nachfragebalken nach unten. Zwar gleichen sich Wohnnachfrage und Jobangebot mehr oder weniger gut aus, es gibt allerdings sogenannte "Demand Caps" (habe ich mal mit "Nachfrageschwellen" oder "Nachfragegrenzen" übersetzt).
Diese sorgen dafür, daß die Entwicklung einer Stadt zu einem gewissen Grad ausgebremst wird, denn nur von Bevölkerung und Jobs kann ja keine Stadt überleben, man braucht auch öffentliche Einrichtungen, Parks, ÖPNV usw. Deshalb haben öffentliche Gebäude einen "Demand Created"-Wert, erhöhen also die Nachfrage und heben dadurch die Nachfrageschwellen an, so daß wieder mehr Growables entstehen können.
In der Regel ist auch gleich noch ein "Demand Satisfied"-Wert enthalten, und zwar in gleicher Höhe wie "Demand Created". Landläufig ist dies auch als "städtische Jobs" bekannt, weil die öffentliche Gebäude ja in der Regel ein paar Arbeitsplätze bieten. Allerdings wirken sich selbige nicht auf die Nachfragebalken aus, sondern beeinflussen nur die Nachfrageschwellen an sich. Bei Parks usw. heißt es stattdessen "Amenities" ("Annehmlichkeiten"), weil die ja keine Jobs haben, sondern die Wohnbebauung positiv beeinflussen. Klingt alles sehr kompliziert, aber ich hoffe, ich habe ein wenig Licht ins Dunkel gebracht.
Was den ÖPNV angeht: Grundsätzlich ist es eigentlich egal, welches System man einsetzt, Unterschiede gibt es nur bei den Kosten, Geschwindigkeiten und Kapazitäten. Bushaltestellen sind billig und kompakt und sollten daher überall gebaut werden. Die U-Bahn ist sehr kostspielig, aber in dicht bebauten Innenstädten verbraucht sie ebenfalls sehr wenig Platz und hat dabei eine höhere Kapazität als Busse, und natürlich ist sie schneller, da sie nicht wie die Busse im Stau steht.
Mit der U-Bahn verbinden kann man die Hochbahn, welche somit die gleiche Kapazität und Geschwindigkeit hat, aber preiswerter ist - und vielleicht findest Du es ja auch einfach "cool", die Hochbahn zwischen Deinen Wolkenkratzern umherfahren zu sehen (geht mir jedenfalls immer so

). Und mit dem Network Addon Mod hast Du sogar zusätzlich die Möglichkeit, die Gleise ebenerdig zu verlegen und daher ein Straßenbahn- oder Stadtbahnnetz zu simulieren.
Die Eisenbahn hat den Vorteil, daß Industriebetriebe, die direkt an der Strecke liegen, ihre Güter auf die Bahn laden können, und auch sonst kann man mit Güterbahnhöfen für einen Warenverkehr sorgen. Zudem ist sie sehr günstig in Bau und Unterhalt und daher erste Wahl gerade in kleineren Städten. Die Monorail schließlich ist das schnellste Verkehrsmittel und daher wie die Eisenbahn vor allem überregional von Vorteil, aber auch in einer Stadt selbst kann sie ihre Stärken ausspielen.
Dazu ist zu beachten, daß 70% der armen Sims grundsätzlich mit dem ÖPNV zur Arbeit pendeln, während Reiche fast immer das Auto nehmen. Eine U-Bahn-Haltestelle in einem Villenviertel wird also vermutlich nur sehr schlecht genutzt. W-§§-Sims hingegen wählen meist das schnellste Transportmittel, was also je nach Angebot das Auto oder der ÖPNV ist. Essentiell sind auch Umsteigemöglichkeiten; z. B. ist es nicht notwendig, überall Bahnhöfe zu bauen, aber solange die Sims an der nächsten Ecke in den Bus einsteigen können, fahren sie auch gerne zum Bahnhof und steigen, wenn nötig, und wenn es die schnellste Möglichkeit ist, auch mehrmals um.